Это может быть проблемой с метками времени, которые теперь немного не синхронизированы с метаданными, записанными в скрытых папках ./CVS вашей рабочей копии.Попробуйте запустить cvs status в своей песочнице (извините, я не знаком с интерфейсом CVS в Eclipse, но так вы бы это делали в командной строке).Это должно сбросить якобы измененные файлы.
Вы также можете избежать использования простого обновления.Если ничего не помогает, выполните новую проверку.
Обновление: Я немного погуглил и нашел несколько статей, которые можно интерпретировать, чтобы сказать, что Eclipse неявно делает status при выполненииОбновление »или« Проверка обновлений ».