Если X является вашим набором данных, то в MATLAB команда
Z = linkage(X);
(требуется Statistics Toolbox) проведет для вас иерархический кластерный анализ. Z - матрица (m-1) -by-3, где m - количество строк X. В первом и втором столбцах Z указаны индексы точек данных или центроидов кластеров, которые были объединены в каждом узле дендрограммы, а в третьем столбце - отрезок расстояния в этом узле.
Это то, что вы просите?