Если вы не хотите ветвить исходный код Script #, хорошим решением будет просто вручную установить локальный псевдоним для переопределенного в статическом конструкторе:
static public class Startup
{
static Startup()
{
Script.Literal("$ = $myJQuery;");
}
}
Если вы используете jQuery в любых статических конструкторах, помните о порядке их генерации в финальном скрипте.