Dependency Walker не использует тот же путь поиска, что и ОС. Он имеет свои собственные пути поиска, чтобы попытаться найти DLL. Вы можете просмотреть это, выбрав «Опции -> Настроить порядок поиска модулей ...»
К сожалению, его пути поиска не включают "C: \ Windows \ SysWow64" (расположение 32-битной версии для Kernel32.dll)
Вот почему Dependency Walker неправильно считает, что ваше приложение смешивает библиотеки x64 с вашим приложением x86.
Если вы исправите порядок поиска для включения SysWow64 и удалите все ссылки на каталог System32. Эта ошибка должна исчезнуть.
Лучший способ проверить, какое окно вывода отладчика Visual Studio или WinDbg при запуске приложения. В нем будет указан полный путь к DLL по мере их загрузки.