Я полагаю, что MainActivity можно запустить из другого приложения через:
Intent intent = new Intent();
intent.setComponent(new ComponentName("com.package", "com.package.MainActivity"));
startActivity(intent);
Итак, нет, это не защитит вашу MainActivity как таковую, но вы можете иметь какие-то требуемые общие данные между LVLActivity и MainActivity, так что MainActivity остановится, если этих данных не будет.
Но, имейте в виду, что даже это не остановит пользователей, которые могут перепроектировать код. Чтобы защититься от этого, у вас не должно быть никаких конфиденциальных данных внутри вашего приложения на устройствах - это в основном означает, что вы должны выполнять всю бизнес-логику на сервере и отправлять на устройство только те данные, которые безопасны для данного пользователя. Конечно, вам нужно иметь какую-то аутентификацию пользователя + авторизацию на сервере.