Я предполагаю, что вы имеете в виду, что вы используете CLickOnce в качестве установщика.Если вы хотите, чтобы приложение проверяло обновления каждый раз, когда оно запускается, вам нужно опубликовать в месте, которое могут видеть все приложения.Если это внутреннее приложение, я думаю, что сетевой ресурс подойдет.Если нет, то вам нужно опубликовать на веб-сервере или FTP-сервере.