Да, есть:
>>> import gtk
>>> w = gtk.Window()
>>> w.show_all()
>>> gw = w.get_window()
>>> gw
<gtk.gdk.Window object at 0xa31e824 (GdkWindow at 0xa38ea28)>
>>> gw.ensure_native()
True
>>> gw.has_native()
True
В качестве альтернативы, вы можете попробовать установить переменную среды GDK_NATIVE_WINDOWS=1