Снимите квадратные скобки, поместите их вокруг цифр и добавьте +
(что означает 1 или более) после них. Таким образом, вы получите всю строку S ## E ## плюс цифры отдельно:
preg_match('/S([0-9]+)E([0-9]+)/i', 'True.Blood.S04E12.SWESUB.PDTV.XviD-DSMEDiA', $matches);
print_r($matches);
/* output:
Array
(
[0] => S04E12
[1] => 04
[2] => 12
)
*/
Вы также можете заменить [0-9]
на \d