Для каждой панели вы можете / должны иметь разные менеджеры компоновки, в соответствии с макетом, который вы собираетесь иметь внутри. Не существует «универсального» менеджера макета, и особенно при ручном кодировании элегантно и полезно использовать «наиболее подходящий» менеджер макета для решения задачи, которую вы решаете. Например, очень продвинутый GridBagLayout не может эмулировать WrapLayout.
Вы можете найти эту страницу полезной в качестве списка подсказок для правильного выбора менеджера компоновки.
Обратите внимание, что у каждого менеджера макета есть свои особенности в Swing, поэтому переключение с одного менеджера макета на другой может принести вам небольшие проблемы. Например, некоторые из них уважают Minimum / MaximumSize, некоторые нет и т. Д.
К вашему резюме: вы не должны пытаться устанавливать координаты "вручную". Хотя это возможно, гораздо лучше выразить связь между визуальными элементами в логической форме. Это очень поможет вам в изменении размера страницы, адресации, правильном размещении и извлечении элементов управления, а также во многих других местах, которые я сейчас не помню.