Эмма и Cobetura могут оба инструктировать ваши классы для составления отчетов о покрытии (для этого я использовал Cobetura, а не EMMA). Эмма проводит статический анализ плюс анализ событий во время выполнения, и я предпочитаю его в настоящее время.
Кловер может быть направлен на JVM, чтобы сообщить вам покрытие - они объясняют, как это сделать.
Продукт Sonar также позволяет измерять динамические тесты - их функция описана на их сайте.