$query = 'INSERT INTO table VALUES ';
$query .= "('" . implode("'), ('", $lines) . "')";
UPD
Для 2 полей это может выглядеть так (я полагаю, вы используете php5 +):
$query = 'INSERT INTO table VALUES ';
$lines = array(array(1,2), array(3,4));
$query .= "('" . implode("'), ('", array_map(function($i) { return "'" . implode("', '", $i) . "'"; }, $lines)) . "')";
var_dump($query);