Есть несколько вопросов, на которые необходимо ответить в отношении вашей программы.
Работает ли она в том же контексте, что и пользователь, которого вы проверяете с помощью explorer?Возможно, вы, например, запускаете консольное приложение как пользователь с ограниченными правами, но вошли в систему как пользователь с более высокими правами и т. Д..
Вы можете попробовать другой метод, например EnumerateDirectories, и посмотреть, каков будет результат.Исключения и результаты EnumerateDirectories немного более наглядны, чем Exists.