Это код для скрытия командной строки, он работает для меня, надеюсь, он вам тоже поможет.
Process p = new Process();
StreamReader sr;
StreamReader se;
StreamWriter sw;
ProcessStartInfo psi = new ProcessStartInfo(@"bar.exe");
psi.UseShellExecute = false;
psi.RedirectStandardOutput = true;
psi.RedirectStandardError = true;
psi.RedirectStandardInput = true;
psi.CreateNoWindow = true;
p.StartInfo = psi;
p.Start();