Не правда ли, что количество символов одинаково, а количество слов различно?
Я предполагаю, что где-то в вашем коде c=in.read()
и print((char)c)
происходят некоторые проблемы с кодированием.
Можете ли вы сохранить выходные данные в другой файл PDF и выполнить их двоичное сравнение? Если они идентичны, то это действительно странно! Если это не так, вы можете найти ключ к разнице.