Моя точка зрения на то, что должно быть в командном проекте, состоит в том, имеют ли приложения и / или люди, работающие над приложениями, общие ресурсы, например, рабочие элементы.
В предстоящем TFS11 есть понятие невыполненных заданий(если вы еще не видели, я рекомендую перейти на \ BUILD \ records ).Если ваши приложения совместно используют спринты или журналы, то я бы создал один командный проект (или групповой проект на пул приложений, которые их разделяют).
Если приложения разрабатываются отдельно и вы хотите использовать разные процессы,затем используйте несколько командных проектов.