Похоже, у вас включена опция «Связь с редактором». Это связывает Package Explorer и редактор, что может вызвать поведение, которое вы видите.
Эта опция отображается в области заголовка Package Explorer в виде кнопки со стрелками, направленными вправо и влево - если вы наведите указатель мыши на нее, появится надпись «Link with Editor». Нажмите его один раз, чтобы отключить, и он автоматически прекратит прокрутку представления Package Explorer.