Последний параметр в Builder.node - это «Массив, список других узлов, которые будут добавлены как дочерние» в соответствии с Wiki . Поэтому, когда вы передаете ей строку, она обрабатывается как текст.
Вы можете использовать:
var a = Builder.node('div').update("<a href='#'>foo</a>")
Где ссылка текстовая или:
var a = Builder.node('div', {'class':'cool'},
[Builder.node('div', {'class': 'another_div'})]
);
И вы можете использовать только прототипы new Element () (доступно с версии 1.6).
var a = new Element('div').insert(
new Element('div', {'class': 'inner_div'}).update("Text in the inner div")
);