Вы можете указать инструмент слияния, который делает это.
Сначала обновите ветку по умолчанию, затем выполните:
hg merge OTHERBRANCHNAME --tool internal:other
Как всегда, вы должны поэкспериментировать с клоном, чтобы вы моглипри необходимости перезагрузите.