Какой бы API графов вы не использовали, он должен позволять вам делать что-то вроде этого:
boolean equal = graph1.equals(graph2);
, где это дает значение true, если наборы узлов и наборы ребер равны.Узлам потребовались бы идентификаторы или другое содержимое, чтобы вы могли установить фактическое равенство, а не изоморфизм графов.
Это то, что вы спрашиваете?