Щелчок правой кнопкой мыши в окне консоли - это «особая функция» интерпретатора командной строки Windows Vista и выше. Он не работает на любом другом инструменте командной строки, поэтому он больше не работает для вашего преобразованного скрипта. Вы по-прежнему можете получить к нему доступ через меню Windows (маленький значок в строке заголовка или Alt + Пробел).
Вы можете попытаться вернуть функцию, щелкнув правой кнопкой мыши, поэкспериментировав с вызовами Windows API - но более удобной возможностью будет включить вставку с помощью Ctrl + V и забыть о меню окна. Хорошим кандидатом является PyReadline - установите пакет и запустите его в начале вашего скрипта:
import readline
readline.parse_and_bind("control-v: paste")