Вы говорите об инструменте администратора, который вы видите в visual studio?Сам сайт / инструмент фактически не существует нигде, кроме как внутри студии.Все, что он делает - это предоставляет удобный способ управления некоторыми значениями в вашей базе данных и в файле web.config.
Если вы хотите ограничить доступ к тому, что на самом деле делает инструмент администратора, ограничьте доступ к базе данных.Вы также можете посмотреть, как ограничить права доступа на запись для вашего файла web.config во всем, что вы используете для контроля версий.Во-первых, ограничение доступа к источнику - это совсем другая тема, но стоит подумать, если вы этого еще не сделали ...