Причиной ошибки является вызов метода setupWindow () , а не saveAppPosition . Он выполняется, как только ваш файл обработан, и nativeWindow , вероятно, еще не готов.
Переместите setupWindow () вызов в метод (например, обработчик FlexEvent.CREATION_COMPLETE) и попробуйте снова.
Надеюсь, это поможет.