Как именно вы выполняете сценарии? Некоторый пример кода поможет.
Некоторое время назад я использовал это так:
Object obj = ScriptableObject.getProperty (scope, methodName);
Callable fun = (Callable) obj;
Scriptable thisObj = scope;
scope = ScriptableObject.getTopLevelScope (scope);
Object result = fun.call(cx, scope, thisObj, args);
, где область действия содержит все загруженные объекты, созданные ранее, а cx является экземпляром Context.
Так что вам не нужно ничего стирать - просто используйте новую область.