Я хотел бы создать веб-сервис, управляемый базой данных (только для извлечения данных)
, поэтому я хочу знать, с чего начать?(POJO или EJB)
лучше ли делать отдельные функции для каждого запроса?
Использовать WSO2 DSS [1]. Это продукт, специально созданный для таких целей.
[1] http://wso2.org/library/dss