Редактирование оси Y на sjplot в R (plot_model)

Question

У меня проблемы с осью Y на созданном мною sjplot. Я не уверен, почему значения расположены так (см. Изображение), и мне было интересно, может ли кто-нибудь мне помочь, например, установить мою ось y, чтобы она начиналась с 0.

library(jtools)
library(carData)
library(effects)
library(sjPlot)
mod <- glmer(Golden.Trevally ~ Maturity.Status + Behavioural.Activity + (1 | ID.Number), family = "binomial", data = mydf2)
summary(mod)
plot_model(mod, "pred", title="")

см. изображение / сюжет

Answer 1

Безусловно, самой сложной частью ответа на этот вопрос было воссоздание ваших данных, чтобы сделать их воспроизводимыми. Однако примерно следующее:

library(jtools)
library(carData)
library(effects)
library(sjPlot)
library(lme4)

set.seed(69)

Behavioural.Activity <- factor(sample(c("Cleaning", "Courtship", 
                                        "Cruising", "Feeding"),
                                        size = 10000, 
                                        replace = TRUE))
Maturity.Status <- factor(sample(LETTERS[1:3], 10000, TRUE))
ID.Number <- factor(sample(500, 10000, TRUE))
Golden.Trevally <- rbinom(10000, 1, prob =
                          (c(6, 4, 7, 3)/600)[as.numeric(Behavioural.Activity)] *
                          c(0.8, 1, 1.2)[as.numeric(Maturity.Status)] *
                          (as.numeric(ID.Number) / 1000 + 0.75))

mydf2 <- data.frame(ID.Number, Golden.Trevally, 
                    Behavioural.Activity, Maturity.Status)

mod <- glmer(Golden.Trevally ~ Maturity.Status + Behavioural.Activity + (1 | ID.Number), 
             family = "binomial", data = mydf2)

my_sjplot <- plot_model(mod, "pred", title = "")

my_sjplot$Behavioural.Activity

The solution here is to realize that the object returned by plot_model is a list containing two ggplot objects. You are seeing the one for Behavioural.Activity. It looks the way it does because it has a scale_y_continuous whose labelling function is labelling the breaks to the nearest percent. You can simply over-ride this scale with one of your own:

my_sjplot$Behavioural.Activity +
   scale_y_continuous(limits = c(0, 0.01), 
                      labels = scales::percent_format(accuracy = 0.01))

введите описание изображения здесь