Это похоже на проблему масштабирования. В ваших первоначальных задачах XOR входы и выходы были в сопоставимых масштабах, а именно [0,1]. В вашей исправленной задаче некоторые входные данные выглядят как [0,1], а некоторые [0,1000].
Решение состоит в том, чтобы нормализовать входные данные для аналогичных шкал: обычно используются [0,1] или [-1,1].
В вашем случае может быть достаточно разделить входные данные на 1000, чтобы поместить ваш диапазон в [0,1]. Не забудьте денормализовать выходные данные (т. Е. Умножить на 1000 в вашем случае), чтобы вернуться к исходному масштабу.