На основании ваших ответов в комментариях вот ответ:
//This line defines what JavaScript file you wish to add, change it as needed.
$myJsFile = JURI::Base() . 'templates/my_template_name/js/myJsFile.js';
//this line fetchs the jdocument object which is needed to add items to the head (amongst other things)
$document =& JFactory::getDocument(); //Drop the & if PHP5
//This line adds the previously setup JS url
$document->addScript($myJsFile);
Если вы хотите добавить или что-то нестандартное, например условные теги IE, см. Здесь дополнительную информацию: http://docs.joomla.org/Adding_JavaScript_and_CSS_to_the_page о том, как использовать этот объект.