Что означает «приложение не работает»?У вас есть исключение в выводе / журнале tomcat?Что это говорит?
Я подозреваю, что вы забыли поместить банки cobertura в папку WEB-INF / lib вашего веб-приложения перед его развертыванием.Очевидно, что код, добавляемый инструментарием cobertura, вызывает методы механизма cobertura, поэтому эти классы должны быть доступны в вашем веб-приложении.