в файлах jar cobertura есть файл log4j.properties.
Если вы регистрируетесь с помощью log4j, возможно, этот файл используется для регистрации конфигурации (log4j берет первый log4.properties из пути к классам и использует его).
Вы можете удалить этот файл из библиотеки ЛИБО ИЛИ убедиться, что ваша конфигурация регистрации находится первой в пути к классам.
Если вы укажете -Dlog4j.debug = true, log4j сообщит вам, какой файл конфигурации ведения журнала он использует.