Проблема не в команде RD. Дело в том, что во время удаления что-то еще обращается к папке и / или файлу.
Убедитесь, что нет запущенных программ, которые могут быть причиной, окна обозревателя открыты внутри каталога (хотя это может не вызвать ошибку) и что вы не запускаете команду из командной строки dos, которая находится внутри структуры папок.
Я не думаю, что кто-то сможет дать гораздо больше информации, поскольку это будет зависеть от машины / установленных приложений.