Если удаление записей, добавленных с помощью SPWebConfigurationModification (SPWCM), завершается неудачно, обычно причина:
- Записи SPWCM добавлялись больше раз, чем были удалены
- Поле имени в SPWCM не является правильным XPath для поиска элементов в пути
Но другой вопрос: почему вы хотите добавить записи SafeControl, используя код?
Записи SafeControl должны быть добавлены записями в manifest.xml пакета WSP, который добавляет dll