Возможно ли, что он открывается с помощью редактора JS Web Tools или другого редактора вместо редактора Aptana? Дважды проверьте, выбрав правой кнопкой мыши файл «Открыть с помощью».
Если это так, вы можете установить Aptana по умолчанию в Предпочтения> Общие> Редакторы> Файловые ассоциации.