Вы зарегистрировали профилировщик?
попробуйте переключатель -register или, если под UAC, -register: пользователь
Все переключатели описаны в OpenCover Wiki
В качестве альтернативы вы можете использовать regsvr32 на каждом из профилировщиков OpenCover.Profiler.dll в папках x86 и x64 в установленных программных файлах папка