Пути сборки различны для каждого набора библиотек SWT, поэтому вы должны сделать отдельные версии для каждой операционной системы, в которой вы хотите, чтобы ваше приложение работало.Для этого настройте путь сборки так, чтобы в него были включены только библиотеки JRE и платформы, а затем создайте исполняемый файл (Eclipse отлично подходит для этого).Это утомительно и идет вразрез с парадигмой Java, но это единственный способ (который я знаю).