Службы Windows больше не могут взаимодействовать с рабочим столом. Они никогда не должны иметь, потому что это огромная дыра в безопасности.
Правильный дизайн заключается в том, чтобы поместить в установщик пользовательский диалог для ввода значения от пользователя, которое хранится в защищенном настраиваемом общедоступном свойстве. Затем используйте это свойство, чтобы обновить либо значение реестра, либо атрибут типа ключ / значение xml. Затем выполните рефакторинг класса обслуживания, чтобы использовать этот ресурс в качестве точки изменения конфигурации.
Дело в том, что настройки конфигурации должны были быть заданы задолго до того, как ваша служба пыталась запускаться.