Если вы начали обратный отсчет 30 с и знаете, что 16 с уже прошли, то прошедшее время составляет 30 с - 16 с = 14 с
function win() {
clearTimeout(timer);
$('#panel').hide();
var timeElapsed = 30 - seconds;
$('#won').fadeIn('slow').html('<span class="">You click all div\'s in ' + timeElapsed + ' seconds</span>');
}