Я не знаю imagemagic, но есть командная строка imagestack инструмент, который может обрезать изображения
imagestack -load inputfilename.jpg -crop startx starty width height -save outputfilename.jpg
Если вы можете получить координаты из другого приложения, вы можете написать скрипт для передачи их из командной строки в imagestack - подробности зависят от вашей ОС