Сценарий оболочки был бы возможен, но для вас было бы гораздо больше работы, как для разработки, так и для отладки. Я написал и обслуживал большие базы данных, соединяющие приложения в ksh, и не хотел бы этого никому.
Что касается остальных (Perl, Python и т. Д.), Если все, что вам нужно, это манипулировать данными в базе данных MySQL, то любой из них подойдет для этой задачи, поэтому выберите любой из те, которые вы предпочитаете, основываясь на ваших собственных критериях ранжирования (будь то, что вы знаете лучше всего, или легче всего изучать, или язык, который вы хотели выучить в течение длительного времени, или поможет в дальнейшей карьере).
Я могу определенно подтвердить, что Perl ХОРОШО для этой задачи (у него есть готовые модули для чтения конфигурационных файлов всех видов, у него есть модули DBI для соединений с базой данных ); но сказать, что это «лучше», не совсем правильно - задача недостаточно специализирована / сложна, чтобы Perl или Python были значительно лучше.
Поддержите мудро, если вы достаточно выполняете свою работу и задаете хорошие вопросы, и для Perl, и для Python вы найдете множество хороших советов по кодированию прямо здесь, на SO.