Если на экране «Публикация в Интернете» выбрать «Заменить соответствующие файлы локальными копиями» вместо «Удалить все существующие файлы перед публикацией», то будут публиковаться только файлы, которые отличаются.
В вашем случае, если вы изменили часть кода и опубликуете его с опцией «Заменить ...», тогда он просто заменит существующую DLL для вашего веб-приложения на новую скомпилированную и оставит все остальное в покое.
Но ... я думаю, вы говорите, что не хотите развертывать всех ваших изменений. Вот для чего нужен контроль версий. Вы должны проверить код в любой ревизии или ветке, для которой вы хотите опубликовать, а затем опубликовать его.