Стоит отметить, что в дополнение к коду, представленному christo, когда вы переключаете терминал javaplot, он блокирует и вызывает сбой потока, так как gnuplot ожидает, когда пользователь закроет его, что, поскольку он установленк объекту файла png, нет никакого способа сделать.Способ исправить это (по крайней мере, в Windows 7) состоит в том, чтобы установить для атрибута persist значение false, например, так:
p.setPersist(false);
Это будет гарантировать, что все идет хорошо и быстро и имеетнет проблемы.