Я знаю, что этот вопрос довольно старый, и я не дам вам решения, но ...
Я тоже использую эту проблему (и другую с svn в eclipse), обычно это происходит, когда SVN нужно удалить папку и ее родителей (или дерево большего размера, чем 2 папки).
Обычно я просто фиксирую все, что мне нужно, и после того, как он начинает сталкиваться с проблемой «устарела», я удаляю все старое дерево папок прямо в SVN. Для этого я использую представление «SVN Repositories». Тогда просто сделайте полное обновление в вашем проекте.
Если вы просто выполняете обновление без ручного удаления более старой папки, вам потребуется обновление для каждой «конечной папки», которую нужно удалить.
Это не решит вашу (или мою) проблему, но, по крайней мере, ускорит удаление этой папки ...