Извините, но вы не можете использовать такую динамическую логику для включений.Однако, безусловно, версия Debian позволяет напрямую ссылаться на переменные окружения через шаблон подстановки, например,
Include conf/${APACHE_RUNTIME_TYPE}/*.conf
Найдите «envvars Apache2», чтобы узнать больше.