У нас возникла та же проблема, и, на мой взгляд, лучшим вариантом было бы регулярно объединять изменения в магистрали в ветку локализации, а по завершении делать ветку новой магистралью.
Но сейчас уже слишком поздно: (
Я бы сказал, объединить ствол с веткой и локализовать все объединенные файлы, это может занять некоторое время, в зависимости от вашего проекта. Таким образом, вы уверены, что в случае чрезвычайной ситуации у вас все еще есть рабочий ствол. И вы также теперь, что файлы с красной галочкой - это файлы, которые нужно локализовать (с черепахой). Не фиксируйте объединенный файл, пока он не будет локализован!
В конце сделайте ветку новым стволом.