установка матрицы расстояний и методов кластеризации в heatmap.2 - PullRequest
Новая
       22

установка матрицы расстояний и методов кластеризации в heatmap.2

15 голосов
/ 24 июля 2011

heatmap.2 по умолчанию используется dist для расчета матрицы расстояний и hclust для кластеризации.Кто-нибудь сейчас, как я могу установить dist, чтобы использовать евклидов метод и hclust, чтобы использовать метод центроида?Я предоставил скомпилированный пример кода ниже.Я пытался: distfun = dist (method = "euclidean"), но это не работает.Есть идеи? 

library("gplots")
library("RColorBrewer")

test <- matrix(c(79,38.6,30.2,10.8,22,
81,37.7,28.4,9.7,19.9,
82,36.2,26.8,9.8,20.9,
74,29.9,17.2,6.1,13.9,
81,37.4,20.5,6.7,14.6),ncol=5,byrow=TRUE)
colnames(test) <- c("18:0","18:1","18:2","18:3","20:0")
rownames(test) <- c("Sample 1","Sample 2","Sample 3", "Sample 4","Sample 5")
test <- as.table(test)
mat=data.matrix(test)

heatmap.2(mat,
dendrogram="row",
Rowv=TRUE,
Colv=NULL,
distfun = dist,
hclustfun = hclust,
xlab = "Lipid Species",
ylab = NULL,
colsep=c(1),
sepcolor="black",
key=TRUE,
keysize=1,
trace="none",
density.info=c("none"),
margins=c(8, 12),
col=bluered
)

1 Ответ

27 голосов
/ 24 июля 2011

Взглянув на код для heatmap.2 Я вполне уверен, что по умолчанию используется dist, а по умолчанию используется евклидово расстояние.

Причина, по которой ваша попытка передать distfun = dist(method = 'euclidean') не сработала, состоит в том, что distfun (и hclustfun) должны быть просто name функций. Поэтому, если вы хотите изменить значения по умолчанию и передать аргументы, вам нужно написать функцию-обертку, например: 

heatmap.2(...,hclustfun = function(x) hclust(x,method = 'centroid'),...)

Как я уже говорил, я вполне уверен, что heatmap.2 использует евклидовы расстояния по умолчанию, но аналогичное решение можно использовать для изменения используемой функции расстояния: 

heatmap.2(...,distfun = function(x) dist(x,method = 'euclidean'),...)
...