Вы не можете использовать их напрямую, вам нужно было бы сделать немного волшебства JNI, чтобы связать их вместе.
Какие у вас проблемы с трубами? Java видит их как просто общие файлы. Я не использовал их широко, но у меня не было никаких реальных проблем с Pipes. Единственной деталью было то, что считыватель труб должен постоянно открывать трубу, если производители не успевают за ней.
Но если одна из сторон терпит неудачу, другая сторона просто блокирует ожидание восстановления другой.
Вы просто должны быть осторожны с чтением буфера из канала. Если вы читаете из канала в буфер, а затем терпите неудачу, эти данные теряются.