Мне неизвестно о бесплатном решении Java, которое предлагает поддержку как ftp, так и sftp клиентов.
Для sftp у меня есть хороший опыт использования бесплатной и популярной библиотеки JSch . Один недостаток, документация минимальна, но есть несколько блогов, которые предлагают код для начала работы.