SimpleDB (и последняя версия DynamoDB) не подходят для хранения файлов. Почему бы просто не установить контроль версий на одном из них, индексировать файлы, хранящиеся на S3?
Вам не нужно переопределять файлы на S3, так как вы можете называть их как хотите и получать исходное имя (и другую информацию) из базы данных. Вы можете даже для текстовых файлов, например, иметь предварительный просмотр или начало файла в БД или, для изображений, иметь миниатюру на S3, а также получать эту информацию из БД, поэтому, когда пользователи перечисляют файлы, которые они получают только миниатюру и, если они хотят, они загружают полный размер файла.
Взгляните на http://aws.amazon.com/en/dynamodb/faqs/#When_should_I_use_Amazon_DynamoDB_vs_Amazon_S3 и http://aws.amazon.com/en/running_databases/