Будет ли сбой сервера?
JVM, на котором работает Glassfish, аварийно завершит работу. Хост-сервер не потерпит крах.
... это возможно в среде Linux, поскольку пользователи могут вмешиваться в некоторые файлы, что может привести к сбою jni.
Только если вы испортили права доступа к соответствующим файлам ... или вы предоставили root / sudo доступ не тем людям.
Если есть возможность автоматического перезапуска при сбое, было бы замечательно, но я не могу найти, как это сделать.
Обычно вы делаете это, запуская JVM из скрипта, который обнаруживает, что служба умирает, и перезапускает его в цикле. (Работа с сервисом, который блокирует / прекращает работать, не умирая, более сложна ...)