В одну сторону: сделайте копии обоих проектов, переименуйте файлы и папки в одном, чтобы они соответствовали файлам и папкам в другом, а затем используйте свой любимый инструмент сравнения папок для сравнения двух.
Это не поможет вам, если между двумя проектами не было истинных отношений копирования и вставки.
Лучше было бы использовать рефакторинг. После создания модульных тестов для обоих проектов и достижения адекватного уровня покрытия кода переходите от класса к классу и метода к методу, используя рефакторинг, чтобы попытаться сделать пары методов идентичными. Затем вы можете определить методы, которые должны быть включены в базовые классы или перемещены в другие классы.
В конце концов, вы можете найти пары классов, которые идентичны. Переместите эти классы в общую библиотеку, затем переименуйте все использования одного из классов, чтобы использовать другой. Затем удалите тот, который больше не используется.
Повторяйте, пока больше не будет дублирования.