Есть способ для: По USB подключиться к ПК (или другому флеш-накопителю) - перехватить процесс и разрешить доступ только к указанным файлам и папкам на андроиде (пользовательское хранилище)?
Только путем создания собственной прошивки.
Приложения SDK не могут вмешиваться ни в режим USB Mass Storage, ни в формы USB Media Transfer Protocol для монтирования внешнего хранилища Android как накопителей на главном компьютере.